Získání a zpracování obrazu v mikroskopii
13. - 17. května 2002


PLAKÁT | PODROBNOSTI | PŘIHLÁŠENÍ

Pětidenní teoretický kurz s praktickými cvičeními a demonstracemi pro postgraduální výuku v biologii a medicíně.

Pořádají Ústav experimentální medicíny AV ČR a 3. LF UK, Praha
pod záštitou a s finančním přispěním Československé mikroskopické společnosti

Organizátoři:
RNDr. Pavel Hozák, DrSc. (ÚEM AV ČR a 3. LF UK, Praha)
RNDr. Lucie Kubínová, CSc. (Fyziologický ústav AV ČR, Praha)
ing. Jana Nebesářová, CSc. (Parasitologický ústav AV ČR, České Budějovice)

Místo konání: Ústav experimentální medicíny AV ČR, Vídeňská 1083, Praha 4 – Krč
Počet účastníků: 30
Poplatek: 3000 Kč včetně obědů, pro členy Čs. mikroskopické společnosti 2000 Kč včetně obědů.

Adresa pro přihlášky: Dr. Pavel Hozák, Ústav experimentální medicíny AV ČR, Vídeňská 1083,
142 20 Praha 4 – Krč, Tel./Fax: +420(2)4106-2219, e-mail: hozak@biomed.cas.cz
(upřednostňujeme komunikaci e-mailem, další instrukce budou následovat)

Krátký syllabus

I. Teoretické základy: šíření světla a elektronů, optické systémy, vlny, odraz, difrakce, interference, polarizace.

II. Světelná mikroskopie: mikroskop a jeho součásti, formování obrazu, Köhlerovo osvětlení, optické aberace, typy objektivů, fázový kontrast, interferenční kontrast, polarizace, fluorescenční mikroskopie, laserová konfokální mikroskopie, dvoufotonová konfokální mikroskopie, studium dynamických pochodů v buňkách, FRET,...

III. Elektronová mikroskopie: vlastnosti elektronů, rozlišovací schopnost, vlnová délka urychleného elektronu, elektron v magnetickém poli. Skanovací elektronový mikroskop: konstrukce, detekce sekundárních a odražených elektronů, tvorba obrazu, vznik rtg. záření a jeho využití pro kvalitativní a kvantitativní mikroanalýzu, příprava biologických preparátů (fixace, odvodnění, sušení preparátů – metoda kritického bodu, mrazové metody přípravy), digitalizace obrazu ze SEM. Transmisní elektronový mikroskop: konstrukce, tvorba obrazu, interferenční jevy, příprava biologických preparátů (chemické metody – fixace , dehydratace, infiltrace, zalévání, příprava ultratenkých řezů, kontrastování, fyzikální metody – nízkoteplotní postupy, mikrovlny), digitalizace obrazu v TEM. Porovnání fotografického a digitálního záznamu z mikroskopu, CCD kamery. Využití digitalizace a Internetu ve virtuální elektronové mikroskopii.

IV. Zpracování obrazu: snímání a digitalizace obrazu, základní pojmy (rozlišení, úrovně šedi, opakovací snímková frekvence), výhody a nevýhody digitálního zpracování, základní ideové schema digitalizace obrazu. Typy kamer (analogové versus digitální) a jejich vyznamné charakteristiky. Typy digitalizačních karet do PC, tzv. "frame grabbery", zakladni princip cinnosti. Možnosti použití a dostupnost SW. Konkretní příklady konfigurací (potencionální dodavatelé) a řešení některých typických problemů. Parametry obrazu: (kontrast, šum), histogram. Densitometrická kalibrace. Formáty datových souborů (binární, šedotónový, RGB, HSV, Lab) a komprese (ztrátová, bezztrátová. Filtrace a zpracování obrazu. Základní metody segmentace. Detekce oblastí: prahování a růst oblastí¨, detekce hran: operátory zvýrazňující kontury (Sobel, LoG, DoG), aktivní kontury. Měření geometrických charakteristik digitálního obrazu. Interaktivní metody: poloha, délka, profily, histogramy v ROI. Použítí Croftonovy formule pro měření obvodu ve 2D. Interaktivní stereologické metody - systém STESYS a automatické - plocha, obvod, Feretovy průměry, počet, Eulerova charakteristika. Vliv anizotropie objektu a šumu na přesnost měření. Obrazová analýza a vizualizace ve 3D. Zdroje dat: CLSM a MRI, rozměrová kalibrace. Filtrace a segmentace dat. Použítí Croftonovy formule pro měření povrchu a délky ve 3D měření. Interaktivní stereologické metody: Fakir probe a Slicer, automatické: objem, počet, povrch a délka ve 3D. Vizualizace: objemové a povrchové ztvárnění.

V. Stereologie a morfometrie: Tradiční morfometrické metody: měření délek, plochy, obvodu, počtu. Úvod do stereologie. Vzorkování ve stereologii, Cavalieriho princip pro měření objemu, bodová metoda. Příklady stereologických metod pro měření objemu, povrchu, délky a počtu. Metody pro měření délek a povrchu trojrozměrných struktur z tenkých řezů: metoda vertikálních řezů, orientátor . Metody založené na proostřování silnějších řezů: princip disektoru pro počítání trojrozměrných částic (např. buněk), metody pro měření délky prostorových křivek (např. kapilár) a povrchu trojrozměrné struktury.




This page was prepared by
Petr Schauer,
ISI ASCR, Brno, Czech Republic
updated on February 9, 2003, 18:58;
(transfer to the CSMS home page)